Hệ thống đồ thờ của chùa Bối Khê có số lượng tương đối lớn, có thể chia làm hai dạng chính[13]:
- Đồ thờ nhân cách: Đồ thờ nhân cách gồm có tượng thờ và những thứ liên quan đến tượng. Tổng số tượng thờ có trong chùa là 92 pho. Có một số tượng bị mất, đã thay thế bằng tượng khác ít giá trị nghệ thuật hơn.
- Tượng thờ ở Điện Phật: Tổng số có 27 tượng gỗ ở khu thờ Phật (20 pho ở Thượng điện, 4 pho ở Thiêu hương, 3 pho ở Tiền đường). Hai hành lang chạy song song có 18 tượng La Hán bằng đất.
- Tượng thờ ở Điện Thánh: Tổng số 27 tượng gỗ, bố trí ở hai khu chính Đại Bái và Hậu Cung. Khu Đại bái có 13 pho đặt thành 4 cụm chia đều ở hai bên nối với hành lang. Tượng ở Hậu cung có 14 pho bằng gỗ, được chia thành 2 nhóm: một nhóm 4 pho ở hai nhang án chính giữa, nhóm kia 10 pho bố trí chia đều hai bên nhang án chính, hai gian chái, sát vách Hậu Cung.
- Đồ thờ phi nhân cách: Bao gồm nhang án và những thứ có liên quan, văn bia và sắc phong, sập đặt kiệu thờ, 2 chậu “cây mệnh” (theo cách gọi của dân làng), Đồ thờ tự ở Bối Khê khá nhiều, có một số đồ quý bị mất. Đồ bị mất gồm có 5 chân đèn gốm men, bát hương thời thời Mạc, tất cả đều có minh văn. Đồ thờ ở chùa Bối Khê hầu hết là di sản của thời Nguyễn. Một số đồ thờ có giá trị nghệ thuật: ban thờ đá hoa sen thời Trần, mảng đá móng bệ hoa sen chạm phong cách trang trí thời Lý, các bia đá từ Lê Sơ đến Nguyễn, hai cây hương đá.
Trong các pho tượng của chùa thì Tượng Quan Âm Nam Hải thời Mạc (hay còn gọi là Tượng Quan âm thiên thủ thiên nhãn, Quan âm nghìn mắt nghìn tay) có giá trị nghệ thuật cao nhất với bố trí nhịp điệu tay rất cân xứng và biến động. Tượng gỗ phủ sơn cao 2,53m (bệ gỗ 94 cm) đặt trên bệ đá hoa sen thời Trần. Hai bên đặt tượng Kim Đồng, Ngọc Nữ thời Nguyễn, cao 1,35m. Tượng Quan Âm ngồi tư thế bán Kiết già, áo không tay chạy lượn biên, gặp lá sen sau lưng, phía trước phủ qua vai chảy xuống lòng đùi, gập xô nhiều lớp trên mặt bệ. Bệ đài sen bốn tầng ken nhau, khối nở đều, dưới nữa là bệ lục giác có quỷ đội đài sen. Tượng có 14 tay với 7 đôi đối xứng qua thân[32]:
- Đôi thứ nhất: ngang đầu, nâng mặt trăng - mặt trời
- Đôi thứ hai: cao vừa, ngón tay bắt ấn, đóng mở nửa vời, thu vào - búng ra
- Đôi thứ ba: lòng bàn tay hướng về phía trước
- Đôi thứ tư: chắp trước ngực
| - Đôi thứ năm: đặt trên lòng
- Đôi thứ sáu: đặt trên đầu gối tay ngửa, tay úp
- Đôi thứ bảy: chống thẳng sau mông, các ngón khép lại và duỗi trên mặt bệ
|
Sắc phong của chùa còn lưu giữ khá nhiều trong đó có các đạo sắc phong vào các năm Thịnh Đức (1656), Vĩnh Thọ (1660), Cảnh Trị (1670), Dương Đức (1674), Chính Hòa (1683), Vĩnh Thịnh (1710), Vĩnh Khánh (1730), Cảnh Hưng (1740, 1763, 1767, 1783), Chiêu Thống (1787), Minh Mệnh (1821), Thiệu Trị (1844), Tự Đức (1880), Đồng Khánh (1887), Duy Tân (1909). Chuông cổ còn hai quả đúc năm Thiệu Trị (1844) và Duy Tân (1908).[16]
